急性肾盂肾炎患者接受正确积极的治疗，疗程在2周左右，但是也有少部分患者2周后尿培养还是阳性，要根据药敏试验结果，继续选用抗菌素治疗，一般要再延长到4周左右。急性肾盂肾炎的治疗主要分为对症治疗和抗感染治疗。对症治疗主要是建议患者多饮水、勤排尿，促进细菌排出，不要养成憋尿的习惯，注意勤换内衣，注意局部外阴清洁，尤其在月经期、妊娠期不要使用盆浴。
因为急性肾盂肾炎的感染菌大多是大肠癌细菌，所以抗生素的选择是针对该菌的药物，比如头孢类或者喹诺酮类的药物进行抗生素治疗。但是部分患者，比如糖尿病或免疫力低下患者，或者合并有尿路梗阻的患者，治疗疗程可延长到6-8周左右。所以急性肾盂肾炎一般疗程是2周左右，但有些特殊患者的疗程可迁延到4-8周左右。