通常牙根囊肿的手术危险较小，但是各种手术均具有一定危险，而危险性大小和囊肿大小、囊肿部位有一定关系，主要情况如下：
1、如果囊肿是在前牙区，且囊肿比较小，则危险较小，患者在门诊局麻下可以进行牙根囊肿手术；
2、如果囊肿在后牙区，邻近上颌窦，或邻近下牙槽神经管，则具有一定危险，建议患者住院进行手术，可以局麻下进行，也可以在全麻下进行，根据囊肿大小和患者要求进行治疗。如果囊肿比较小，且患者可以配合，在局麻下即可进行牙根囊肿手术，如果囊肿比较大，甚至已经涉及到上颌窦，或者临近颏孔、下颌神经管，或患者比较恐惧，坚决要求采用全麻进行手术，可以在全麻下进行手术，但全麻进行手术会增加麻醉风险。
目前牙根囊肿手术主要采用拔牙摘除囊肿，或先进行根管治疗再进行囊肿切除、根尖切除手术，此时需要医生根据具体情况，选择不同术式，最好能够保留牙齿和功能，避免拔牙后再次进行修复，可能会产生一定困难。
