80%的少精子症的患者，可以找到明确的病因，包括以下几方面：
1、不良生活习惯：这类病因较为简单，部分年轻人群可能由于生活不规律，例如慢性压力、吸烟、喝酒等不良的生活习惯，可能造成少精子症。通常通过改善生活习惯，精子有可能恢复正常；
2、疾病原因：部分疾病例如精索静脉曲张、感染、内分泌失调、性激素水平下降，都可能造成少精子症。这类少精子症患者通过药物治疗、手术治疗，通过必须的治疗，也能够得到明显改善；
3、先天原因：部分少精子症患者，因为先天发育的原因，染色体、基因发生突变造成少精子症。这类患者虽然能够找到病因，但是仍然没有较好的治疗方法，可能需要采取辅助生殖的技术。
虽然科学飞速发展，仍然有20%的少精子症无法找到明确原因。如果少精子症不明病因，仍然可以应用经验治疗，可以应用中成药，例如五子衍宗万、左归丸，对部分患者可以起到治疗作用。也可以应用西药，例如左卡尼汀、维生素E，患者都可能得到改善。
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