基底动脉发生重度狭窄后，常会造成基底动脉供血区的脑干、小脑等部位缺血，称为后循环缺血，患者常出现明显的头晕，甚至是一过性的黑蒙、猝倒等情况。
治疗上最好能采取神经介入手术这种微创的治疗方法，即从股动脉穿刺进入微导管，然后进行血管造影，明确狭窄具体部位之后，可以进行狭窄段的支架置入。通过支架置入以撑起狭窄部位，使基底动脉的血流恢复通畅，从而改善后循环缺血的症状。
对于支架置入术后的患者，还需要较长时间的口服抗凝、抗菌药物，以免支架内血栓形成。同时患者还应该积极治疗和处理原发病，比如高血压、高血糖、高血脂等，避免今后基底动脉乃至脑部的其他血管复发进行性狭窄，严重时还会出现脑缺血，甚至脑梗死相关症状。
