慢性肾盂肾炎的典型表现主要有低热、尿频、尿急、尿痛，特别是夜尿次数增多、尿量增多，感染时可出现腰酸、腰疼症状。慢性肾盂肾炎的患者常伴有贫血症状，如面色不好、血色素下降、乏力、气短、活动后心慌等。另外，患者可出现恶心、食欲不振、疲乏无力，部分人群随着病变逐渐进展，可出现血肌酐、尿素氮增高。
当逆行感染出现肾盂肾炎，尤其是患者本身有相关基础性疾病，比如梗阻性肾病、反流性肾病等，导致肾脏间质、髓质部分的间质小管发生病变，而出现慢性感染以及肾脏结构改变，比如在B超下，肾脏表面凸凹不平，形状有明显异常，此时患者可伴有泌尿系统症状，做清洁中段尿培养可发现阳性致病菌，此时可初步判断为慢性肾盂肾炎。
