飞秒激光用来矫正近视，此种手术现在较为完善，而且随着技术进一步提升，该手术的安全性、有效性和手术可预测性又进一步大大提高了。所以如此完美的手术，能够带给患者较满意的术后矫正视力。
但是既然是手术，就不可能是没有缺点的，相对而言该手术也与其他手术一样，也会有手术后遗症或者并发症。
最常见的后遗症就是感染，包括术中可能造成感染或者是术后的感染。因为该手术毕竟是在角膜组织里做手术，虽然不用切割角膜瓣，但是需要做角膜基质的透镜，所以术中的感染或者术后的感染，也不可能完全避免。
还有就是干眼或者是术眼疼痛，主要是因为手术切割了角膜基质里面的神经末梢、神经纤维，功能受到了损伤以后，就会产生干眼症，或者是术后有些患者感到眼睛疼。
再就是屈光回退，主要表现在术前高度近视或者超高度近视的患者身上。此种患者做完手术之后，在短期内能够很满意的有一个矫正视力。
但是有的患者最早术后1-2年就会发现又有近视度数了，有的患者可能会稍慢，大概是术后的3-5年也发现近视的再次出现，此种情况就叫做屈光回退。
