预防手足口病的疫苗是EV71型疫苗，即针对肠道病毒EV71型病毒研制的疫苗，该病毒引起重症手足口病的病例相对较多，尤其见于3岁以下的儿童。所以针对能够引起重型的EV71型肠道病毒，研制了疫苗，0.5-5岁的儿童，均可以接种该病毒的疫苗。因为病毒感染之后，可以引起比较严重的手足口病，尤其对于3岁以下的儿童，常常可以合并有脑膜炎或者脑炎，也可以合并心肌炎、肺炎，病死率相对比较高。
所以如果接种该型的手足口病疫苗，一旦感染了手足口病，也不至于引起严重的手足口病，但是并不等于不会感染手足口病。因为柯萨奇病毒、埃可病毒等病毒感染，也可以引起手足口病，只不过引起重型手足口病几率，相对没有肠道病毒EV71型几率高。所以注射了手足口疫苗之后，还有可能会感染手足口病，因为还有其他病原引起的手足口病，对于其他病原引起的手足口病，目前还缺乏疫苗。
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