卵巢巧克力囊肿可以很严重，也可以相对较轻。卵巢巧克力囊肿实际为子宫内膜异位囊肿，可分期为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ期，严重时可以伴有盆腔的子宫内膜异位症，粘连非常严重，甚至反复复发。但如果较轻，可能只有单侧巧克力囊肿，形成时间不长，周围粘连不重，只需简单的剥除手术即可解决。
卵巢巧克力囊肿属于一种异常疾病，可以影响妊娠、怀孕，也容易复发，因此建议手术治疗。因为相对比较容易恶变，据统计卵巢巧克力囊肿患者得卵巢癌的几率为正常人的9倍，属于一种比较麻烦的疾病，需要手术治疗，需要进一步观察甚至用药。虽然该疾病有严重也有相对较轻的，但整体上都需进一步处理。
