第三代试管婴儿同样会出现空囊。空囊不一定是胚胎染色体的问题，第三代试管婴儿主要是排出的胚胎的染色体问题，所以不能保证染色体正常的胚胎移植之后绝对能够怀孕，而不出现胚胎停育的情况。胚胎停育和很多因素有关，常见于以下几种情况：
1、胚胎因素：胚胎停育既和胚胎本身有关，也和胚胎的质量有关，即与胚胎的染色体有关，有可能是胚胎质量下降，进而出现胚胎停育的情况；
2、子宫环境：如宫腔出现较大的肌瘤压迫子宫或出现宫腔畸形，也有可能会造成胚胎停育，或者子宫内膜特别薄的情况；
3、母亲自身疾病：如母亲本身可能存在高血压、糖尿病、血栓前状态以及自身免疫性疾病，可能都会导致胚胎停育。
总而言之，进行第三代试管婴儿不能完全杜绝胚胎停育的情况，需要具体情况具体分析。另外，第三代试管婴儿的过程中不一定筛选的胚胎完全没有问题，需要注意极端的情况。
