恶性胃肠道间质瘤是癌症，这是恶性肿瘤的常见类型。一般恶性胃肠道间质瘤通过手术切除可以取得较好的效果。
但如果没有及时手术治疗，随着时间推移，肿瘤有可能会逐渐增大，但通常较少发生淋巴结转移和侵犯。所以，恶性胃肠道间质瘤患者在进行病灶切除时，很少进行区域淋巴结清扫，因为其很少伴有淋巴结侵犯。
对于体积较大的恶性胃肠道间质瘤，如果通过穿刺活检明确性质，这种情况通过手术一次性切除的困难程度比较大，很有可能术中肿瘤破碎，造成播散、种植。可以先服用药物，比如甲磺酸伊马替尼，促使肿瘤体积缩小，再进行二次手术治疗，这样可以尽最大可能地避免肿瘤残留和减少复发的可能。
但恶性胃肠道间质瘤毕竟属于恶性肿瘤，如果没有及时进行手术治疗，肿瘤细胞有可能随顺血管、淋巴管，或者直接侵犯周围的组织脏器，造成肿瘤的远处播散和转移，此时再进行手术治疗的效果通常较差。所以，早期发现、早期治疗对于恶性胃肠道间质瘤非常重要。
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