扁桃体手术中患者一般感觉不到疼痛，手术是全麻下进行操作，术后短期12小时内可能疼痛不显著，通常在术后第2天开始出现不同程度的疼痛。年龄越小的患者，疼痛越不显著，年龄越大，疼痛越明显。如果扁桃体只是增生肥大，炎症不严重，此时术后扁桃体的疼痛不明显，长期反复发炎的患者扁桃体的体积小，术后疼痛较明显。

扁桃体手术的疼痛与扁桃体的体积有关，扁桃体体积越大，创面就越大，比扁桃体较小、创面较小的患者，疼痛明显。因此扁桃体手术是否疼痛与年龄、感染严重程度、扁桃体手术创面大小有关，还与个人对疼痛的耐受程度相关。