蝶窦炎的治疗一般首先采用药物，治疗一段时间以观察效果。如果药物治疗效果良好，能够快速缓解病状，也可以避免手术治疗。
治疗蝶窦炎时，首先可以使用鼻腔生理性海水进行鼻腔冲洗，冲洗后尽量将鼻涕清除干净，然后使用鼻喷激素。另外，可以适当使用口服的白三烯受体拮抗剂，如孟鲁斯特。
如果怀疑存在细菌感染，可以加上口服抗生素，如阿莫西林克拉维酸钾。急性病变治疗7-10天，而慢性鼻窦炎需治疗至少3周。对于慢性蝶窦炎，必要时还可以口服激素，如泼尼松，连续治疗7-10天。若经药物治疗后病状仍未缓解，应考虑手术治疗。
由于蝶窦的位置较深，有时仅通过药物治疗难以取得良好效果。手术通常为鼻内镜下蝶窦开放手术，将蝶窦口打开并清除窦内的感染物。
此外，霉菌性鼻窦炎是一种常见病，尤其在糖尿病或其他慢性疾病患者中。对于霉菌性蝶窦炎，只能通过手术治疗，药物治疗无确切疗效。
