绿脓杆菌感染属于相对比较严重的感染，不能够自愈。绿脓杆菌感染后，特别是在肺部绿脓杆菌感染，通常比较严重，容易形成细菌耐药，一般的抗菌药物效果较差。当用有效的抗菌药物时，绿脓杆菌对抗菌药物会产生一种耐受，形成一种生物被膜，会有大部分的绿脓杆菌被杀死，而小部分的绿脓杆菌具有耐药，这些绿脓杆菌就会在感染的部位，特别是肺部寄生下来。
当再次免疫力低下时，当时没有完全杀死的绿脓杆菌可能会再次繁殖，或引起再次感染。因此，当有绿脓杆菌感染时，会给予非常积极的抗感染药物治疗。如果是感染了绿脓杆菌，一次不治彻底，会容易出现反复的绿脓杆菌感染，一旦出现抵抗力低下或合并感冒，绿脓杆菌的感染就会再次复发。
