新生儿败血症最常见的并发症是神经系统并发症，主要是脑膜炎、室管膜炎和硬膜下积液。由于新生儿本身免疫功能低下，而血脑屏障发育不成熟，一些病原菌感染可以通过血-脑屏障，而影响中枢神经系统，从而引起化脓性脑膜炎。最多见的是细菌感染，也可以是真菌或病毒感染。
如果没有及时或不规律的治疗，可能会遗留不同程度的后遗症，比如运动、发育落后，癫痫、智力障碍等。所以一旦孩子出现感染表现，比如发烧或吃奶不佳、反应低下、体温不升、黄疸不消退，要积极引起重视，及早就诊，判断有没有感染因素。积极留取标本，做相关检查，比如血培养、血常规、C反应蛋白、血小板等检查。如果明确诊断是新生儿败血症，要早期、足量、足疗程治疗。
