部分穿刺存在一定风险，但大部分在可控范围内，可将穿刺理解为小手术。穿刺通常是对疾病诊断不明确，无法判断下一步治疗时才需做，如对甲状腺、乳腺穿刺可查看此处结节、包块是良性还是恶性。这种体表部位的穿刺对身体没有过多害处或害处较少，因为危害仅限于体表，所以其风险较低。
部分内脏器官的穿刺，如肝脏、胰腺还有肺，穿刺风险相对较高，可造成出血、感染等，如肺穿刺可造成胸膜腔、气胸等。但如果经过医生的各种讨论，认为有必要穿刺时，则应承担风险进行穿刺。目前随着医疗技术的进步和发展，穿刺风险发生率较低，即使发生，对人体造成大的伤害的风险也较低。
