针对囊肿比较大或者里面出现异常改变，需要进一步处理。肝囊肿外面为囊壁，内部为清亮液体。肝囊肿为因胚胎时期肝内胆管或淋巴管发育异常所形成的囊状结构。大部分肝囊肿较小，没有任何症状，所以不需要特殊治疗，定期复查、随访即可。有少部分肝囊肿会缓慢增大，甚至部分肝囊肿因内部出现出血、感染、胆瘘等。里面不再是清亮液体，出血时会变成血液，感染时会变成脓液，胆瘘时会变成胆汁糊。
处理方式包括穿刺、手术，手术主要是将囊肿的囊壁手术，将囊肿超出肝表面的囊壁消除，整个囊腔暴露在腹腔，从而形成陨石坑样状态。囊液分泌直接流入腹腔，随时间整个囊腔逐渐缩小恢复，肝囊肿得到有效处理。如有出血、感染、胆瘘等，则需要根据具体情况，先保守控制症状或直接手术治疗，具体情况、具体分析。
