扁桃体癌晚期也有一个具体分型，如果极晚期有远处转移，生存期可能大概半年或者8个月的时间。每个人根据情况不同，其存活时间不完全一样。还有一种诊断为扁桃体晚期，但属于可手术切尽的晚期，如淋巴结转移可以切除，局部的原发灶可以完全切干净，然后术后做补充放化疗，5年生存率也可以达到一半左右。
扁桃体癌有一个标志物，如果HPV阳性，即由HPV病病毒感染引起的扁桃体癌，其预后和治疗效果较好。扁桃体做活检的时候，建议做HPV的免疫组化指标，主要是P16指标。如果扁桃体癌的活检病理报告显示P16阳性，预后较好，对放疗和化疗的敏感性较高。单纯的放疗或者化疗，病灶也可能就完全消失，其临床预后比P16阴性的扁桃体癌较长。
