一般喉镜检查不会有什么后遗症。如果病人本身有咽喉部的病变，比如有肿瘤的情况，需要在喉镜下取活检，做完喉镜后可能会觉得咽痛不适，以及咽部的异物感加重，甚至活检后可能会有间断的痰中带血，均为正常情况，通常在1-2天后即可缓解。
还有一些可能性，比如医院喉镜的硬件情况的原因，喉镜比较粗，进入咽喉部后可能会刺激咽喉部，引起异物感，或者有轻微疼痛等不适。对于这种疼痛，患者也不需要太紧张，保持进食较稀软或者没有刺激性的食物，多饮水，通常经过1-2天的时间，这种不适也会消失。
另外，部分患者可能在做喉镜时，其咽反射较敏感，反应较强烈，会抑制不住的恶心、呕吐，医生可能会应用表面麻醉的药物来减轻这种不良反应。需要注意的是，用了这种麻醉药物之后，2个小时内尽量不要吃饭或者饮水，2个小时之后便可以正常饮食。
