所谓的巧克力囊肿，实际上是卵巢子宫内膜异位囊肿，之所以会有卵巢子宫内膜异位囊肿，是由于子宫内膜出现了异位，异位到了卵巢。

在卵巢周期性地排卵，周期性雌激素水平刺激之下，异位在此处的子宫内膜细胞也会有相应的变化，形成周期性的出血。此种出血就容易积攒在卵巢内部，形成一个越来越大的囊肿。

在进行手术时，会先对于此种囊肿壁给予剔除，剔除了之后需要将卵巢的创面予以缝合或者是电凝止血。但是由于有很多情况下可能会有肉眼看不见的子宫内膜细胞残存，所以术后会特别容易出现复发。

想要预防巧克力囊肿复发，一般可以在手术之后，应用促性腺激素释放激素激动剂。此种情况下能够抑制卵巢排卵，也能够起到让体内激素水平处于持续偏低的状态，才能够有利于子宫内膜进一步萎缩，甚至完全坏死。

另外，由于考虑到GnRH-a，即促性腺激素释放激素激动剂，长时间应用也有可能会带来低雌激素水平的相应副作用，所以可能不会长时间应用。预防该疾病再次发作，可以减少排卵，通过应用口服的避孕药来抑制卵巢排卵，通常情况下对于卵巢部位的子宫内膜异位症能够有一定抑制复发的作用。

而更重要的，其实临床是鼓励生育年龄的女性尽早妊娠，而且多进行哺乳。此时就能够更进一步地减少卵巢排卵，自然而然地由于激素反应，也能够让异位到卵巢部位的子宫内膜细胞尽早萎缩甚至坏死。所以在一定程度上，也能够减少很多复发的风险。

由此可见，其实关于预防巧克力囊肿复发还是因人而异的。根据患者不同的年龄，不同的生育要求，以及相应的临床症状、严重程度等来进行综合判断，以及关于术后持续性治疗方案的制定。