幽门螺杆菌的检查方法目前分为侵入性和非侵入性检查两种。侵入性检查有快速尿素酶试验，通过获取胃黏膜组织，以尿素缓冲液和对酸碱度敏感的指示剂的检测条颜色变化来判断是否感染有幽门螺杆菌，敏感性比较强，但有一定假阴性和阳性率。组织学检查灵敏度和特异性高达95%，但成本比较高，应用有限。细胞培养的优点是准确，但技术要求比较高，费用比较高，时间比较长。目前在临床上主要用于治疗耐药患者，采取细胞培养。多聚酶链式反应仅限研究领域，非侵入性检查有抗体检测试验，费用相对比较低，但只能证明曾经感染过幽门螺杆菌，但不能确定现在是否感染幽门螺杆菌。

尿素呼吸试验目前是最广泛的检查方法，有无痛、非侵入性、便利、病人容易接受。主要根据生物体尿素酶活性来鉴别是否有幽门螺杆菌感染，吸入用非放射性同位素碳13或放射性同位素碳14标记尿素，对呼出的二氧化碳进行定量检测，目前是作为检测幽门螺杆菌感染和治疗后复查的主要检查方法。粪便抗原试验是通过多克隆抗幽门螺杆菌抗体的酶免疫分析法，来鉴别粪便中是否存在幽门螺杆菌抗原。该检查方法比较便利，但要获取粪便，病人依从性有限制。