判断卵巢囊肿良恶性，需切下囊肿在显微镜下观察，细胞没有恶变为良性囊肿，细胞恶变则为恶性囊肿。但事实上并非所有卵巢囊肿患者均需通过手术判断囊肿性质，首先判断患者年龄、引起囊肿的原因是否和雌孕激素的水平有关。
功能性囊肿不需要做手术，如果经过持续复查，囊肿并没有缩小，并且伴肿瘤标志物的上升，再根据症状判断为功能性囊肿还是赘生性囊肿。如果为赘生的囊肿，即病理性囊肿，要考虑与内分泌有无关系。如子宫内膜异位囊肿，即子宫内膜异位症，根据程度不同做出不同处理。如果为肿瘤，如良性肿瘤、恶性肿瘤，均要积极手术治疗。具体要看患者年龄或者肿瘤良恶性，做出综合判断。如果为生过孩子后的妇女，或者接近更年期的老年妇女，应积极手术。如果为青春期或者育龄期妇女，良性或者生理性囊肿可能性大，需要观察一段时间。
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