口腔黏膜科主要是看口腔软组织上发生的一组疾病，如溃疡类疾病，包括复发性口腔溃疡、创伤性溃疡等。还有皮肤黏膜病，包括扁平苔藓、天疱疮等，潜在恶性疾病包括口腔白斑、黏膜下纤维性变等。此外舌炎、唇炎，如沟纹舌、地图舌、灼口综合征、舌疼症、嘴唇起皮、慢性唇炎等。还有较常见的过敏性唇炎、过敏性口炎，包括药物过敏性口炎等都可在口腔黏膜科看。
口腔黏膜科主要是治疗口腔黏膜的一组软组织疾病，一般治疗手段为药物治疗。如唇疱疹为口腔发生病毒感染、念珠菌感染导致鹅口疮等，都是口腔黏膜科诊治的疾病，总共多达200多种。常见的包括溃疡类疾病、大疱性疾病、斑纹类疾病、口腔黏膜潜在恶性疾病、皮肤黏膜病。还有感染，如单纯疱疹病毒感染、真菌感染、细菌感染等，引起口腔黏膜的疾病，都可在口腔黏膜科就诊。
