由于现在医疗卫生条件的进步，结核菌的感染发生率比较低，脑结核的治愈率也随着医疗水平的提高，治愈率也明显提高。根据以前的经验，基本上60%-70%以上的脑结核都可以得到治愈，治疗后能得到良好的结局。
脑结核治疗疗效不好的主要原因，可能和就诊的时机有关，例如患者已经到晚期，病情非常重，或者是昏迷的时候才过来进行诊治。
或者刚开始没有得到准确的这种诊断，一直被误认为霉菌性的脑膜炎或者是其他类型的脑膜炎，像此类没有得到准确的诊断，最终也贻误了治疗时机。还有极少数耐药的脑结核预后也比较差，但是这些情况都相对比较少。
