ERCP取石以后后遗症实际上是并发症。分为短期和远期，短期即出血、穿孔、重症胰腺炎还有术后感染，有可能1周之内出现。而且有短期并发症比较严重，但发生率非常低在2‰以下。
还有一种远期，比如迟发性穿孔或迟发性出血。做完ERCP2周时，病人会突然出血，实际上无其它原因，只是进行ERCP手术可能出现这种情况。有可能病人出院后，因为这种情况又回到医院，首先进行内镜下处理，99%都能处理好。对于远期并发症，实际上内科医生也可以进行ERCP手术，但内科与外科所争论问题是对于十二指肠乳头切开问题。一开始ERCP没重视十二指肠乳头切开问题，但是现在有可能造成术后反流性胆管炎或者长期反流造成其它疾病。现在做ERCP医生越来越重视对于乳头肌切开，而且跟外科大夫一起要共同防治改进ERCP操作方法。比方说现在用乳头球囊扩张来代替切开，有利于术后乳头肌功能恢复，对病人远期生活改善会有很大好处。
