下咽癌通常由耳鼻喉科医生通过电子鼻咽喉镜检查确诊。电子鼻咽喉镜通常从鼻腔进入，经鼻腔、鼻咽、口咽，到达下咽及喉部，下咽区域与喉部区域属同一水平面的前后。在行鼻咽喉镜同时，可发现下咽部及喉部的新生物，达到临床诊断的目的。

在看到存在新生物时，可通过电子鼻咽喉镜检查切除部分肿瘤进行活检，方可确诊下咽癌。