甲功全套可查甲功五项，包括总T3、总T4、游离T3、游离T4以及促甲状腺激素TSH，还可以查降钙素、甲状腺球蛋白以及甲状腺的三种抗体，包括甲状腺过氧化物酶抗体、甲状腺球蛋白抗体以及促甲状腺激素受体抗体。在临床上并不鼓励所有患者均检查甲功全套，而是要根据病情选择项目进行检查。
若甲状腺功能减退的患者想要确定甲状腺激素替代是否合适，则检查甲功五项足以说明问题。而对于甲亢的患者，可以在检查甲功五项的同时定期查促甲状腺激素受体抗体，即TRAb以确定病情是否缓解。若存在甲状腺结节，还需进行降钙素的检查排除甲状腺髓样癌。若患者存在甲状腺肿瘤，在进行术后复查时除甲功五项外，还需检查甲状腺球蛋白以确定肿瘤是否复发。而在检查甲功时应根据病情需要选择项目进行检查，既能说明问题也可节省部分费用。
