女性雌激素水平低的原因可以分为生理性和病理性，青春期前或者绝经后女性的雌激素水平通常比较低，属于正常的生理状态。病理性因素主要发生于育龄期女性，可能是由于先天性原因和后天性原因所致。先天性原因包括各种原因导致的卵巢发育异常，比如染色体因素或者畸形因素。

后天性原因主要包括其他内分泌疾病，比如甲状腺功能异常或者肾上腺素皮质异常，可能会导致卵巢功能受到抑制，雌激素水平降低。出现下丘脑或者垂体疾病时，也可能会导致促性腺激素的分泌不足，导致卵巢功能下降，出现雌激素水平降低。如果出现产后大出血，造成垂体坏死，表现为席汉综合征，雌激素水平也会降低。卵巢早衰患者由于卵巢过早衰竭、功能下降，也会导致雌激素水平降低。