腘窝囊肿目前国际上都是使用关节镜进行手术，是比较小的微创手术。但是需要提醒的是，腘窝囊肿绝大多数都不是原发的囊肿，都是因为膝关节内部有半月板、软骨或者滑膜炎症，长期关节液聚集、挤压到腘窝部位所形成的囊肿。
做这种手术的时候，最好是从膝关节里进去，同时探查膝关节里有没有半月板、软骨、滑膜的问题。如果半月板有损伤，做半月板的修正、成型、局部切除，或者是修补等处理。
如果有软骨损伤，做软骨的马赛克、软骨的干细胞移植、软骨的修复等；如果是滑膜的炎症比较重，可以做膝关节滑膜的清理，同时做腘窝囊肿内引流、囊壁的清除等。不建议做经皮肤巨大的切口去切腘窝囊肿，因为这样无法观察关节内的情况，而且创伤也比较大。
总之腘窝囊肿的手术有各种类型，有关节镜的、有经皮的，手术虽然不大，但是因为腘窝囊肿不是原发病，所以要治关节内的原发病史，同时再取腘窝囊肿。
