屁股两边肉疼可由多种原因所导致，常见如下：

1、外伤：外力作用可以导致骨或软组织损伤，而产生疼痛的情况。例如摔倒时屁股着地或车祸伤、碰撞伤、棍棒打击伤等，均有可能导致两侧屁股疼痛的临床症状，一般有明显的外伤时可以协助诊断；

2、肌纤维组织炎：屁股肌肉丰富，在着凉、劳累等因素影响下，可以出现肌肉的无菌性炎症，导致疼痛的情况发生。此类情况一般疼痛较局限，活动时疼痛可以明显加重；

3、腰椎间盘突出：当腰椎间盘向后突出刺激到椎管内的神经或神经根时，可以导致神经支配区域出现疼痛、麻木、活动受限的临床症状，也可以表现为屁股两侧疼痛的情况，行腰椎CT、核磁共振、肌电图检查可以明确诊断；

4、局部出现占位性病变：也可以表现为疼痛的症状，需要行CT、核磁共振、病理学活检，以明确诊断指导之后的治疗。