克罗恩早期可能没有特异的症状，常做内镜时发现回肠末端，出现非特异性溃疡。如果是阿弗他样溃疡，怀疑是纵行溃疡，可能需要进行随访，如果疾病进一步发展，从而帮助确诊。
克罗恩没有诊断金标准，需要通过临床症状，影像学、内镜以及病理检查，进行综合评估。早期没有症状，如果进一步发展，可能出现典型腹痛、腹泻甚至发烧。
影像学特点可能累及结肠、小肠，做小肠CT检查，可发现小肠出现节段性、跳跃性病变，小肠壁出现增厚或感觉狭窄的表现。做结肠镜时多数在结肠远端、回肠末端，可以出现溃疡，常以纵行溃疡为主，而且可出现铺路石样改变，整个病变可以是跳跃性，不是连续性。
如果考虑克罗恩病，可能需要做胃镜，观察食管、胃，甚至十二指肠有无受累。如果对相应部位取病理，极少数患者会出现典型非干酪样肉芽肿，多数人是慢性肠炎表现。
此疾病为慢性病程，并不会服用某种药物，则症状以及内镜下表现较快消除，主要是要密切随访。如果发现异常，可能需要6-9个月，再次做内镜评估，从而调节治疗方案。
