患者宫外孕期间通常不会排卵，因为此时体内的雌孕激素水平会随之升高，尤其是活的宫外孕，即可以观察到卵黄囊、胎心等的宫外孕。患者体内的激素水平，无论是血HCG(绒毛膜促性腺激素)、雌激素，还是孕激素，均可能与正常怀孕差不多。即使不是活的宫外孕，只要有活性，体内也会有雌孕激素、HCG水平升高。在高水平的雌孕激素环境下，卵巢排卵通常会被抑制，即不会发生正常排卵，因为卵巢没有接收到排卵信号，接收到的是怀孕信号。
宫外孕通常生长于宫外，生长环境较差，少数患者的胚胎可能自行消亡。例如受精卵虽然着床在输卵管上，但因为本身质量较差，且周围环境供给的养分和血液不足，则可能会有自然消亡的过程。部分患者可能选择保守治疗，将胚胎杀死，会导致体内的激素水平随之下降。在孕激素和雌激素水平下降到比较低的水平时，卵巢可能会恢复排卵。
