替硝唑较少用于治疗尿路感染，主要应用于以厌氧菌感染为主的口腔疾病。尿路感染以革兰氏阴性杆菌为主，通常选择抗生素治疗，如头孢类、喹诺酮类，如氧氟沙星、环丙沙星。大环内酯类如阿奇霉素、红霉素。四环素类，如美满霉素、多西环素及磷霉素等。对于特殊尿路感染患者或进行尿液培养发现存在厌氧菌时，也可使用替硝唑类抗生素进行治疗。
同时尿路感染需根据感染部位和严重程度选择治疗药物，通常口服抗生素即可，且治疗疗程1-2周。临床症状消失、尿常规检查白细胞转阴，即为治愈。对于较为严重感染，如急性细菌性膀胱炎、急性附睾炎、急性细菌性前列腺炎、急性肾盂肾炎等，则需静脉注射抗生素，可以较快控制感染发展。症状减轻后可以改用口服抗生素继续治疗，直至症状消失且各项检查恢复正常，可考虑停用药物。同时尿路感染治疗需要注意消除诱因，进而减少复发概率。
