跑步时肾疼的原因包括内脏下垂症和泌尿系结石，具体情况如下：
1、内脏下垂症：较为少见，内脏下垂症多见于身材比较纤瘦的男士和女士，在做平片测量时，可以发现患者的肾脏比正常人多下垂5-10cm，所以跑步时易产生肾区的疼痛。这时先建议增肥，增多内脏脂肪，可以托住肾脏，然后加强肌肉的锻炼。如果效果并不理想，可以服用补中益气丸，必要时可以做手术治疗；
2、泌尿系结石：较为常见，泌尿系结石是临床的常见病，结石出现时，小结石随着跑步运动容易到达输尿管部，而输尿管里存在异物则会增强收缩，挤走结石。在上述过程中容易产生较为强烈的肾脏疼痛，此时建议进行CT平扫，能够较清楚地看到结石的位置、大小、形态，然后决定下一步的治疗策略。
