黄体酮低说明卵巢黄体功能不足，月经周期可以分成月经期、排卵期、黄体期，来完月经后在排卵期时孕酮值比较低，排卵后在黄体生成素的作用下，卵巢的颗粒细胞发生变化，会形成黄体。黄体形成以后产生孕激素，主要是孕酮，所以黄体功能是否正常，决定孕酮即黄体酮的高低。

如果黄体发育正常，孕酮不会低，如果黄体发育不足，产生孕激素的量下降，此时会出现孕酮值下降。孕酮值不足在非孕期主要造成月经紊乱，在怀孕后如果黄体酮低可能出现流产。