超声内镜是一种将超声与内镜检查相结合的诊断方法，是在内镜的前端集合上超声的探头，通过内镜将微小的超声探头置入人体内。因此可以通过超声内镜来检查胃肠道黏膜层以下的结构，比如肌层，甚至是浆膜层，以及胃肠道腔以外的周围组织和器官的疾病。
由于超声内镜与经腹的超声探头检查的路径不同，因此可以较好地避开胃肠道的气体干扰，又由于超声内镜探头的频率比较高，能够显示病灶更加清晰。同时在超声内镜显示的基础上，还可以来引导进行细针穿刺细胞学的检查，比如对于胰腺或腹膜后的部位，经腹的超声引导穿刺活检的风险会比较高，而在超声内镜引导下可以将比较细的针经过胃壁穿入到后方，比如胰腺或腹膜后的病灶中，进行组织细胞学的检查，是较为有效的诊断方式。
