肥厚型心肌病的首选药物是β受体阻断剂，在疾病的药物治疗中，没有特别好的药物能改善最终预后，β受体阻断剂可以减慢心率、减少心肌耗氧、减少流出道梗阻。此外，可以合并非二氢吡啶类钙离子拮抗剂，比如合心爽(盐酸地尔硫䓬片)。

还要看有没有流出道梗阻，有流出道梗阻的，而且有明显的临床症状的，比如胸疼或者伴发室性心律失常，有的还有晕厥，要考虑解除流出道梗阻。

目前针对流出道梗阻的肥厚型心肌病，除了药物治疗之外，还有非药物治疗的方法，比如室间隔无水酒精消融，或者进行外科手术切除肥厚心肌，或者做起搏器治疗。

造成人为的左右心室活动不协调，减少梗阻的情况，最终都是为了解除或减轻梗阻，减少心脏急症的发生或者恶性心律失常的发生。如果有肥厚型心肌病，还要进行家族筛查，大部分呈现遗传性，所以要进行家系方面的筛查。