大多数人做肠镜对身体没有特别严重的影响，但是对于特殊人群而言，做肠镜对身体会有一定程度的影响。肠镜前的肠道准备会刺激肠道，引起肠道蠕动以及造成肠道菌群一过性改变，所以在做完肠镜后短期内应注意避免摄入辛辣、刺激的食物。如果是溃疡性结肠炎活动期的患者，做肠镜前需服用泻剂清理肠道，而这些药物本身对肠道有一定的刺激，会增加腹泻、便血的可能性。
因此，对于重症患者，可能并不需要口服泻药，进行简单的灌肠即可。而且在肠镜过程中，也不追求全结肠检查，局部观察直肠和乙状结肠了解是否合并感染，对疾病诊治即可有所帮助。等症状缓解后，再进行全结肠评估，此时可能对患者更有利。对于怀疑有肠梗阻的患者，如果大量饮水有可能导致不完全性肠梗阻发展至完全性肠梗阻，此时也可采取灌肠进行肠道准备，避免不必要的并发症。
