肛瘘是肛门直肠周围脓肿破溃后形成的瘘管，通常是由内口、外口、瘘管组成。内口通常位于齿状线附近，外口在肛门周围5cm以内的肛周皮肤上，中间有瘘管相通。肛瘘起源于肛旁腺正常肛管内的齿状线，齿状线上有肛窦，肛窦开口朝向直肠和上方，肠内容物通过时肛窦可积存肠内容物。如果肠内容物积存不能排出，可以引起与肛窦相通的肛旁腺炎症。肛旁腺炎症进一步发展，会形成肛门直肠周围脓肿，脓肿在破溃后形成肛瘘。肛瘘会由肛窦处的内口顺肛旁腺瘘管，出现破溃外口。

根据肛瘘瘘管走行可以分为高位肛瘘和低位肛瘘，高位肛瘘的瘘管走行涉及到肛门括约肌，手术时需部分离断括约肌，高位肛瘘通常采用挂线疗法，慢慢离断括约肌。括约肌离断时周围形成黏连，不会造成括约肌回缩和肛门失禁。低位肛瘘可以将瘘管剔除或直接将瘘管切开，搔刮瘘管壁。