宫外孕的原因主要和输卵管异常有关，宫外孕95%以上是输卵管妊娠，还有比较少见的卵巢妊娠、腹膜妊娠、腹腔妊娠等等。其中最常见的输卵管妊娠是由于输卵管本身发生异常。
正常情况下，精子和卵子在输卵管的壶腹部结合后，向内游走，经过输卵管的峡部、输卵管的间质部到达宫腔，在宫腔着床。如果在运送的过程中发生问题，就会导致宫外孕。最常发生的宫外孕部位是输卵管的壶腹部，这也是精子、卵子结合的部位，向内形成回游，所以导致宫外孕。
输卵管的炎症、肿瘤、粘连或者先天的发育异常，输卵管细长，管道很长，游走的过程也比较长，都有可能导致宫外孕发生。佩戴宫内节育器的女性对宫内、宫外妊娠都有预防作用，但是一旦发生妊娠，发生宫外孕的几率大于宫内孕。
