蛋白质消化不良时的常见处理方法如下：

1、在饭后吃助消化的食物，例如可以吃山楂类食物，山楂饴或喝山楂水，都能帮助患者消化蛋白质；

2、如果通过食物疗法或控制饮食，还有消化不良的情况，便可能需要药物的帮助，可以用些帮助消化的药，如复方消化酶或胰酶；

3、患者要寻找引起消化不良的原因，如果长期存在蛋白质的消化不良便要及时去医院就医。同时少吃蛋白质含量丰富的食物，例如肉类、豆类以及某些营养补充剂等。如果吃得过多超过胃肠的消化、吸收能力，便会加重胃肠的负担导致消化不良，所以饮食要适量。