幽门螺杆菌感染阳性，根据感染的程度可以选择三联或四联药物进行根除，通常使用两种抗生素，包括青霉素类的阿莫西林、喹诺酮类的左氧氟沙星或是硝基咪唑类的甲硝唑、呋喃唑酮以及大环内酯类的克拉霉素等。上述药物任选两种，但青霉素过敏者不要选择青霉素类的制剂。
三联疗法为两种抗生素加用一种质子泵抑制剂，包括奥美拉唑、雷贝拉唑、泮托拉唑、埃索美拉唑等，任选其一即可。四联疗法是在三联的基础上加用铋剂，包括胶体果胶铋、枸橼酸铋钾或复方铝酸铋等。铋剂会导致舌头、大便黑染，患者要注意识别，不需要紧张。临床可以根据呼气试验的结果选择疗程，停药1个月后需及时复查。
