骨性反(牙合)形成的主要原因来源于遗传因素，如亲代有反(牙合)，甚至严重反(牙合)，往往孩子反(牙合)是一种骨性反(牙合)。极个别孩子是由于兔唇或叫唇腭裂，由于上颌骨严重发育不足，导致上下颌骨矢状向差别特别大，诊断认为是骨性反(牙合)。后天不明原因的下颌骨过度生长造成，也是比较难治疗的。

骨性反(牙合)大致分为3类，第一类是遗传性骨性反(牙合)，第二类是后天不良习惯以及异常生长引起的骨性反(牙合)，第三类是先天性唇腭裂引起的骨性反(牙合)。