通常意义上肠镜指结肠镜，结肠镜顾名思义检查结肠。结肠镜检查是将肠镜从肛门置入之后，沿直肠、乙状结肠、降结肠、横结肠、升结肠，一直走到回盲部，即小肠与结肠相交位置，结肠镜亦可直接送到小肠末端，即末段回肠，可观察到整个结肠。
肠镜亦有小肠镜，小肠镜目前临床常用双气囊小肠镜，通常经口走一段、经肛走一段，然后两端进行汇合，才能完整观察小肠。现在肠镜有无创方法，包括胶囊小肠镜、胶囊结肠镜，通过清洗肠道之后，经口吞入一粒胶囊，胶囊类似于小摄像机，胶囊在运行过程中可拍摄到小肠、结肠图如发射出来，之后通过阅读发射图如，做出小肠与结肠疾病诊断。