泌尿外科主要治疗泌尿系结石、泌尿系肿瘤 、泌尿系炎症和泌尿系先天畸形疾病。除此之外还治疗肾上腺相关疾病，如肾上腺嗜铬细胞瘤、肾上腺醛固酮瘤、肾上腺皮质癌等。泌尿外科在治疗肾结石时，同时还可以治疗输尿管结石、膀胱结石、尿道结石。
可治疗的泌尿系炎症性疾病包括非特异性炎症和特异性炎症疾病，非特异性炎症主要包括肾盂肾炎、输尿管炎、膀胱炎、尿道炎等。特异性炎症主要包括肾结核、输尿管结核、膀胱结核、附睾结核以及前列腺结核。泌尿外科在治疗肿瘤疾病方面，主要治疗肾脏肿瘤、输尿管肿瘤、肾盂肿瘤及膀胱肿瘤，还治疗前列腺肿瘤。在治疗前列腺癌时，常采用腹腔镜切除。
