治疗大肠杆菌没有所谓的特效药，但是有些药物对细菌比较敏感。例如喹诺酮类药物对革兰氏阴性杆菌，相对比较敏感，常用的有左氧氟沙星、利复星等，皆是较为广谱，且靶向性较强的抗生素。
当怀疑是大肠杆菌引起的腹泻、结肠炎等，可以尝试进行经验性治疗，给予一些喹诺酮类药物。另外考虑大肠杆菌感染引起的腹痛、腹泻等，还可以给予调节肠道菌群的药物。比如常用的有双歧三联、双歧四联、整肠生等。
因此使用喹诺酮类药物，还有调节肠道菌群类药物，能够达到抑制有害菌群生长、增加肠道有益菌群，以及减少患者腹痛、腹泻和肠道菌群失调症状的目的。
