绝大部分孩子，急性肠胃炎自然病程在2周内，即多数孩子在1-2周后，症状会有所好转。但部分孩子的肠胃炎较特殊，或继发有其它并发症，疾病恢复的时间可能就较长，有些孩子会延续好几周，甚至好几个月。
小孩急性肠胃炎常由感染引起，如病毒或细菌感染等。一般病毒感染的自然病程在1周左右，相关症状如呕吐、发热、腹泻等，多数情况下，尤其是腹泻，一般不会超过2周，这是急性病程的特点。如果孩子是细菌感染，这时经积极地抗感染治疗，孩子恢复的时间可能不会太长，部分3-5天就有明显好转，相关症状也可能持续在2周以内。
所以大部分小儿急性肠胃炎的自然病程或正常恢复时间在2周内，但部分孩子较特殊，如部分孩子急性肠胃炎后继发乳糖不耐受，这时孩子腹泻的时间较长，持续时间就不能估计，部分需几周痊愈，部分可能需几个月，取决于能否判断孩子的病情，以及能否做相应、及时对因和对症处理。
