肾结石做体外冲击波碎石后出现疼痛，有可能以下原因：

1、结石嵌顿：肾结石碎石后形成小的结石，小的结石如果直径＜4mm，通过大量排尿可以顺利排出体外；如果直径＞6mm，有可能卡在输尿管和肾盂的部位，不能排出体外；而4-6mm直径的结石，正好和输尿管以及尿道的直径差不多，很容易在下行过程中卡在输尿管上或输尿管狭窄的部位，造成疼痛的情况，此疼痛很剧烈，是输尿管疼痛向下腹部放射，如果出现严重的情况，有可能出血或造成输尿管梗阻部位上端积水，需要做泌尿系统彩超进行鉴别诊断；

2、感染：结石内部常有很多细菌，当碎石后细菌释放出来，造成泌尿系统的感染，特别是肾盂肾炎的感染，从而出现肾区的疼痛、压疼以及叩击痛，此时可以出现尿频、尿急、尿痛的症状，类似急性肾盂肾炎。此时的治疗，除对肾结石治疗外，还需要应用抗病原微生物的药物进行抗细菌治疗，或抗相应的病原微生物治疗，才能使疼痛得到缓解乃至消失。