三个月的宝宝大便有黏液，可能有以下几种原因：

一、生理性原因：

宝宝转奶、换奶期间会出现大便带有黏液的情况，如果黏液比较透明、少量的在大便表面，而且大便的性状、颜色、规律、次数没有明显的改变，进食、精神状况等各个方面都比较正常，偶尔只有一次，可以暂时观察。

二、病理性原因：

1、肠道感染：黏液出现黄脓色或者是比较浓稠，可能大便次数比较多；

2、消化不良：会引起宝宝的大便有黏液，需要及时寻找原因，包括宝宝饮食结构是否变化，妈妈通过进食油腻等食物，从而引起宝宝的消化不良，宝宝的大便也会有黏液；

3、过敏：对牛奶过敏，宝宝的大便也是会有黏液，要进行及时地评估和观察。