褪黑素维生素B6片具有改善睡眠的作用，所以主要禁忌用于从事驾驶作业、机械作业以及高空作业的患者，建议不要在操作器械前使用。对于患有自身免疫性疾病的患者，如类风湿性关节炎、甲状腺功能亢进症患者，也要慎重使用。此外由于褪黑素维生素B6片是复方制剂，其中还添加有某些营养素如维生素B6，所以在用药时需要避免和其他同样含有维生素B6的药品、保健食品联合使用，以免导致单一成分超量。
褪黑素维生素B6片是保健品，从其批准文号上可以看出，批准文号是国食健字，中间的字母是大写的G，再加上8位数字，而且标签上会有蓝帽子的标识，都是保健品的标识。如果是药品批准文号应是国药准字，国药准字后面的字母如果是H，代表是化学药物，字母Z代表是中药。所以患者在服用保健品和药品前，需要仔细阅读批准文号和说明书，保健食品不可以替代药物。
