尖锐湿疣一般不引起疼痛，它是由HPV感染造成的皮肤黏膜的疣状损害，但是如果发生尖锐湿疣后不正确的用药，导致合并细菌感染，抠抓、搔抓之后形成糜烂、溃疡，可能会出现疼痛，所以不正确处理是造成疼痛的原因。另外，如果合并其他疾病，也可造成疼痛，比如一位患者患有尖锐湿疣，合并生殖器疱疹，而生殖器疱疹会造成外阴疼痛。
尖锐湿疣是一个经典的性传播疾病，对于性传播疾病而言完全可包括生殖器疱疹，所以临床发现尖锐湿疣的患者，通常会让其检查有没有梅毒、艾滋、淋病、衣原体或支原体感染、生殖器疱疹合并等问题，所以如果尖锐湿疣出现了疼痛，一定要检查有没有生殖器疱疹等合并问题。
